后，终于有借口开战了。而巫族被欺辱了这么多年，本就火爆的脾气更加忍不住了，于是双方爆发了战争。
此战不仅是巫族和妖族的战争，更是天界和地界的战争，战事之惨烈自是不必多说，无数生灵化为灰烬，无数亡魂飘荡在天地间，天地间皆是血红的一片，随处可谓冤魂的哀嚎，初开的天地仿若末世。最终，巫族在天道的暗助下还是攻上了天庭，最终的决战爆发，东皇太一靠无上法力加先天至宝混沌钟，力斩八位祖巫，这八位祖巫分别是帝江、句芒、蓐收、强良、烛九阴、天吴、翕兹以及奢比尸。
而妖族这边的天帝帝俊、妖圣伏羲先后也被杀，而妖师鲲鹏则当了叛徒，偷走帝俊的河图洛书消失了；东皇太一虽然强大，但经历了这么一番惨烈的大战，自身也差不多是油尽灯枯，混沌钟都无法使用了；而就在东皇太一最虚弱的那一刹那，巫族中最强大的玄冥以决死之心奔向东皇太一，在接近东皇太一的那一刻自爆了，失去混沌钟保护的东皇太一瞬间就被无比强横的力量化为灰烬。
在东皇太一被杀后，天庭众妖纷纷逃走，而巫族虽然好战，但也是无力追赶，何况妖族还有女娲娘娘这尊妖皇没有参战，不是女娲娘娘不想，而是因为她成为天道圣人之后，受天道约束，不能参与这场巫妖大战，但她也是决计不能看到妖族被彻底灭族的。此时的巫族还有一位祖巫，那就是后土，按理说，此时的巫族应该是能取代妖族，成为天地两界主宰的。
但后土却没有带领巫族成为天地主宰，而是向天道发下大宏愿，自愿化身轮回，让天地亡魂能重新转世；天道感应后土之诚，特地在天地两界之外再开一界，是为冥界，让亡魂有暂居之所，让后土居于冥界中央，化为六道轮回。巫族在失去祖巫后，实力大减，而原本妖族的附庸人族却得天道气运加持，强势崛起，是为人道当兴，至此，巫妖大战彻底画下句号。
巫妖大战后，东皇太一陨落，天庭无主，鸿钧立身边童子（昊天）为天庭玉帝、童女（瑶池）为天庭王母。
这一场大战仿佛就是叶枫亲眼目睹的一样，他震惊的看着眼前的一幕。
“怎么样，看完了？”
听到声音，叶枫回头望去，正是那个刚才掌握他身体的那人。
“看完了。”叶枫点头道。
“有何发现？”那人笑着说道。
“巫妖大战，好像是天道一手算计的。”叶枫想了想，说道。
“呵呵，对啊，确实。看见扶桑树了吗？”
…。。