。这给他造成了非常不好的声誉，并给他自己造成了悲惨的毁灭性后果。由于他背信弃义地对待阿尔马格罗，他受到西班牙有识之士的疏远。由于他对阿塔瓦尔帕以及后来对印加王曼科的背信弃义的行径，使得秘鲁人对他深恶痛绝。所以，皮萨罗的名字也就变成了背信弃义的别称。为了对他进行报复，曼科则在一场暴动中几乎差点就推翻了他的统治。而阿尔马格罗则与他展开了一场相互厮杀的内战。这场内战的最终结果，就是他的敌人以一次密谋结束了他的生命。所以，有人说皮萨罗是一个狡诈的人，但不是一个精明的人。
在皮萨罗来到印加帝国之前，这里是一个文化艺术很先进的国家：人们在现存的风俗和制度下生活得宁静平和且无忧无虑。群山和高原上遍地是白色的羊群；溪谷充满着精心耕作的果实；粮食满仓满囤；整个国家丰衣足食，欢欣鼓舞。在单纯温和的迷信形式的影响下，这个民族变得诚实而善良，很适于接受一种较高的或是基督教的文明。
但是，皮萨罗根本没有传播基督教文明，而是用征服的手段在奴役这个国家。在他的武力之下，神圣的庙宇和宗教被贪欲亵渎；城镇和村庄横遭抢劫；可怜的土著人像奴隶一样被分配，或是成为了征服者的苦力；羊群被恣意抢杀，仓库里的粮食被随意糟塌。美好的土地和家园遭致劫难，陷于极端的衰败。一个强盛的印加帝国就这样毁在了他的手里。
皮萨罗不但没有从印加古老的文明中吸取益处，反而把这块土地上的文明痕迹尽快地抹去。事实上，他来这里的目的并非传达文明，而是掠夺黄金，抢夺财富，用征服的手段严酷地奴役印第安人。所以，他冒险与征服的主导宗旨就是赤裸裸的贪婪和野心。他与其部下来到这个陌生帝国的原动力就是对黄金的贪欲。这是他们为之奋斗的全部意义。如果从这一点来评价他的命运，他的死也应该是罪有应得。