计划在台湾战事结束后撤回大部分人马，留在岛上的人手有限，这边干脆连北部地区西班牙人的两座城堡都丢给郑家管理了。短毛的势力将只收缩于台南赤嵌城一带，及其附属港口。按照后世的发展前景，他们将来的主力开发方向将是更南边一点的打狗港，也就是未来台湾第一大港：高雄。
双方约定组建了一个“联合管理委员会”，简称联管会，共同处理岛上一切事物。郑芝龙本人并没有进入这个委员会，他觉得自己就算进来也只能做个副职，太没面子，干脆不干。只是把自家兄弟郑芝虎推出来当了个副头目。
联管会的正职首脑当然是由短毛众派人担当的，老李教授原本属意解席，毕竟他最有在外面经营的经验，和郑家关系也好。但老解却死活不肯留下——开玩笑，在这种地方一待下来，一年到头除了野鹿之外恐怕连大活人都看不见几个。高雄港将来也许会有很好的前景，但天晓得要多少年才能建设得像个样子……他解席满怀雄心壮志，可不想在这儿作一块默默无闻的铺路石……
解席不肯留，唐健倒是想要留下来守卫宝岛的。但李教授考虑到这里形势复杂：留守人员不但要同时应对土著，日商，郑家以及残余欧洲人等多方势力，还要在荷兰人留下的基础上继续建设港口，发展贸易……唐健领兵打仗是一把好手，但要处理这么多错综复杂的局面，恐怕还难以胜任。
其间叶孟言等几个年轻小伙儿还自告奋勇主动提出：他们想要留下来进行此地的开发工作。本来这帮小伙子就向委员会提议过要去海南三亚一带开分基地，现在直接把分基开到台湾岛，对他们其实并没有什么差别——反正都是一样的荒凉，一切都要从头开始。
北路军的领导层内部为此进行了一番讨论，不少人觉得小家伙们恐怕还难以担当如此重任，不过老李教授却认为年轻人有冲劲，敢于揽事——这绝不是坏事情，所以应该给他们个机会试一试。当然，必要的监督和制约肯定要有。
于是经过协商后，决定由文德嗣同学出任管委会的首任会长，带领叶孟言所在的一营三连所部，接下治理宝岛的第一棒。文德嗣平时主要管理运输船队事务，不会在岛上常驻。当他不在的时候，岸上事务就由那批年轻人自行决定。
经过半年或一年，如果这些年轻人证实了自己确有管理一地的能耐，到时候就会把权力正式交接给他们。
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在把驻军和占领的事情处理好之后，北路军主力就准备搬师回航了。他们之所以这么着急返回，是
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