最终在崇祯五年（1632年）被皇太极在青海击败，成了丧家之犬！
为了获得生存的资源，林丹汗不但数次袭扰大明边塞，还对其他蒙古部落进行掠夺，最后甚至达到众叛亲离的境地，不过就在林丹汗不屈服于命运的安排，联合了一些不信奉黄教的势力，准备东山再起时，却在崇祯七年（1634年）因为天花，死在了青海茫茫草滩之上！
在林丹汗死后的第二年，他的儿子额哲投降了后金，从此蒙古帝国正式宣告灭亡！
当然在朱由校所在的这条时间线中，林丹汗的命运会如何还不得而知，只不过可以肯定的是，从朱由校登上大明帝国皇位开始，林丹汗的命运就彻底改变了！
本来在万历四十七年（1619年），明朝已经派遣监军王猷出使察汉浩特，虽然林丹汗百般矫情，还是以每年四千两赏银的代价，令林丹汗同意与大明结为联盟，共同抗击后金。
可是朱由校登基之后，对大明军队进行了一系列的改革，使得原本积弱的明军战斗力有了飞跃式的发展，林丹汗不但没拿到万历四十八年（1620年）的赏银，自己手底下的不少部落，还被明军给收拾了！
本来面对这种情况，林丹汗是要聚集部众给大明一个教训的，可是一来因为明军表现出来的战斗力实在让人畏惧，二来大明忽然无条件的大开互市，让整个蒙古草原都为之震动。
过去大明的互市是以一种赏赐的形势，对那些曾经对大明造成威胁，后来又与大明交好的蒙古部落开放的，这样一来与大明互市的基本都是原本就强大的部落，这也促使那些弱小的部落，为了获得利益而主动依附大部落，可以说大明的这种互市赏赐，很大程度上促使了蒙古各部落的整合。
可是朱由校这次却是直接开放互市，这让很多原本弱小的部落，逐渐向大明方向迁徙，并在因为同大明的互市中获得了好处，增长了实力。
而原本强大的部落，却无法靠近大明，互市过程中，他们也被大明方面有意无意的打压，如果是以前，这些部落会毫不犹豫地动刀子，可现在明军的刀子更加锋利，所以他们为了获得利益，不但要忍气吞声，甚至还要巴结大明方面。
所以在这种情况下，林丹汗如果非要出兵袭扰大明边塞，那么不用明军给他强力的打击，就是那些害怕大明关闭互市的部落，也不会跟从林丹汗做这种傻事的！
看清了当下形势之后，林丹汗为了能够树立自己的威望，同时从大明获得更多的好处，这才派了使节出使大明
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