。最早是第四层堆积形成时，不是由东向西的洪水，而是由北向南的的洪水带来的大量泥沙，形成了遗址的基本地形。然后是第二、三层两层堆积形成时。在此期间不是太大的洪水，在遗址中、东部以及北部带来大量罹难于洪水的尸体，形成了大规模的二次葬对象。中区第层土色与北区第层相同，同为红褐色，证明这次由东而来的大洪水也曾淹没了整个遗址，然而，只有最高水位时留下了此次洪水的记录。
根据遗址地层堆积现象可以推断，遗址区早期，即北区第五层时，东方来水穿过探方T二六六和T二六零，南区可能与这里相同，也有由东向西的河流，此两区分别有可供人类栖息的成陆沼泽地。北区、中区和南区第四层堆积主要是由北而来的洪水的裹挟物，其土壤性状不同于来自东方的冲积物，但同时也受由东向西洪水的切割和堆积的影响。所以此层土色相近，但并不完全相同。北区是灰黄色，中区为黄褐色，南区是黄灰色。中区第四层土色黄褐色，虽属于同一次堆积过程，但成陆的时间最早。然后以中区为中心南北两侧再分别展开不同的堆积过程。
第二、三层两层的堆积主要则是由北向南来的洪水与由东向西而来的地表径流所带来的堆积物混合堆积的结果。东方所来洪水只有泗河来水，虽然今天看泗河离开遗址尚有一些距离，但在遗址时期应该就是直接影响遗址的水系之一。尼山和峄山山地的表土被雨水冲刷后向西方移动，迫使泗河后世漂移至今天的位置。遗址所承受的来自北方的洪水压力更大，稍近一些的有汶河，同时还会受到更远一点的济水和黄河水系的影响。因此，层与层之间实际上所隔时间可能很长，二者之间可能存在较长的时间差。
最早的灰坑分布，中区的灰坑主要分布在探方T二三九、二四九和二三二，北区的灰坑主要分布在探方T二六三、二六五、二六八、二七零、四零五、四零六和四二五、四二七，南区的灰坑主要分布在探方T四零零九、四零一一、四零一二、四零一六。显示这里早期是被沼泽割裂的小块陆地。在相对干旱的年代，这里为东方地表径流所滋润，既有自然生长的籽实性植物，也有各种动物频繁出没。是早期人类理想的栖息地。所以，从第层下开始，本遗址的人口就展开了迅速增长的态势。
从遗址一米和一.五米等高线所表示形状可知，正是造成第四层堆积的大洪水所带来的泥土构筑了此后遗址的基本地形。由原本的沼泽状地貌，变成了一个三面环水的小高地。在更大洪水来临时，会出现四面环水的态势，以至整个遗址全
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