后方，两军交战数月未果。至夏五月，内北投社生番头目冰冷亦杀本地通事金贤等人，并且派人与卓个、卓雾勾联反清。秋七月，冰冷被台湾水师的一个把总带人偷袭活捉。八月，卓个、卓雾同被岸里社生番生擒，献于常光裕、张玉麟帐前，二官命人将其斩首，传头颅以示诸番。
然而，卓个、卓雾、冰冷的反清事件才刚过两年，台湾又暴发了一场反清起义。
诸罗（今台湾嘉义县）县民刘却之，平时以拳棒自负，平日也经常与一些所谓的“江湖豪客”往来。今年年初，他密置樟脑于屋内，深夜将其点燃，引出大量烟雾和红光，结果，当地百姓询问他时，他便称自己得到天命，所以，家中才会有红光烛天。于是，在这谣言起作用之后，他立即整合附近的一些同伙，率队摧毁当地的守备营，四出劫掠。台湾北路参将白道隆得知此事，立即整军出击，将其击溃。可是，刘却之却逃入深山，一时难以捕获。
事情到此，本也应算告一段落，白道隆连请功奏折都呈上了朝廷，可是，任谁也没有想到，刘却之却已经跟天地会这个绝对坚决的反清盟会有联系。
在刘却之起事之后不久，福建天地会部众便已齐集部分帮众，准备过海相助。可是，刘却之溃败的太快，等他们的人找到诸罗的时候，刘却之已经跑入了深山。
不过，这帮天地会的帮众却江没有打算到此结束。帮众之一的吴大福，扮作台湾居民，购买牛羊鸡鸭，趁白道隆刚刚得胜，正自得意忘形、防备松懈之时，诈称犒军，于席间刺死白道隆。
结果，台湾官军失去了首领，顿时大乱。天地会帮众又立即打出了“郑”氏口号，再次集结百姓叛乱。躲在深山的刘却之得知这个消息之后，也立即跑了出来，凭着他台湾人的身份，迅速成了这支“义军”的首领。并且，带队攻下了诸罗，接着，趁官军大乱之机，与“山猪毛”社生番勾联，相约对官军前后夹击，大破之。之后，趁势攻克凤山。
至此，清廷在台湾的官府已经无法控制局势，只得匆忙向福建求援。
福建水师提督蓝理已于两年前卸任，福建巡抚李斯义与新接任的提督吴英大意轻敌，仅派出总兵欧阳凯、副将许云带领水师官兵两千人过海出战。而此时，刘却之再陷安平镇，再加上一路收集人手，拥兵已经超过了五千。于是，欧阳凯战死，许云领兵败退。而刘却之又趁势连日攻打，兵锋已经直指台湾府城。为免府城陷落，许云只好在派出手下向福建告急之后，带领残兵死守。
可是，事情总是
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