一举攻上城头，至次日天明，占领了马尼拉外城。西班牙残余守军退守更加坚固的内城，继续抵抗郑军的进攻。
攻破了马尼拉外城，郑军士气大振，对于西班牙人最后盘踞的内城，均认为克之不难，只是会稍稍付出些代价而已。
但休整数日后的郑军陆师在发起了几次试探性地攻击后，顿时集体失语了。无他，马尼拉内城异常坚固，而且城墙也比外城高出许多，几乎都是用巨大的条石砌筑。而且，因为内城的防守面积变小，使得西班牙人更能充分利用他们有限武装力量。密集的火炮轰击，不断的排枪射击，使得附蚁攻城的郑军和土人仆从死伤累累。
曾经十分有效的坑道进，在面对马尼拉内城时，也失去了应由的效用。西班牙人在城墙外侧挖掘了一道很深的壕沟，并将一条河水引入壕沟当中。若要强行挖掘坑道，势必会被大量河水倒灌其中，根本无法通行。
可要是不挖掘坑道抵达城墙，那么郑军攻城士卒只能在西班牙人刻意留出的几条狭窄通道穿过一段无任何遮拦的区域，抵近城墙。在此期间，郑军士卒会遭到城头密集的火炮轰击。
就算郑军士卒抵达了城墙附近，还要一段三十多米的土坡需要攀爬，如此仰攻之下，很容易遭到数个凸出的菱堡交叉火力的攒射。
陈晖无奈之下，只能停止进攻，并向全军将士征集能攻克马尼拉内城的方法。但一个多月过去了，四千余郑军顿足于城外，面对防守严密并异常坚固马尼拉内城，毫无寸进，又恢复到数月前围困西班牙人的模式当中。
六月东南信风到来，郑军主帅杨耿考虑到吕宋的西班牙人海上力量基本不复存在，水师大量船只聚集在此，不仅耗费甚多，而且也无多大辅助作用，遂将大部分船只遣回台湾和泉州，仅留下少许船只往来马尼拉和甲米地两地转运物资和人员。
与郑军联合进攻吕宋的三艘汉洲战船随之也返回汉兴岛（今日本宫古岛），准备与汉洲本土陆续到来的移民船队展开一年一度的移民工作。但齐大江在离开时，将第五陆战队一百余官兵留了下来，以加强郑军的火器密度，并应对可能存在的马尼拉攻防战出现的意外情况。
对于如何攻克马尼拉内城，连长苏忠福也是一筹莫展，毫无头绪。虽然，汉洲曾经攻克过帝力城、安汶、古邦等荷兰与葡萄牙人的据点，也攻克过西班牙人的几个城镇。但说实话，那些战例有许多侥幸的地方，有的是因为敌方大意，让汉洲人钻了空子，有的是因为有内应，里应外合一举破城，还有的，则是城
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