1679年初，西北边境传来警讯。平定了蒙古杜尔伯特、辉特等漠西卫拉特各部的准噶尔汗国突然举兵进入青海，试图要将这块原和硕特汗国的地盘纳入其麾下。
是时，主政西北地区的吴三桂病重卧床，不能视事，其子吴应麒胆小怯懦，有意让出青海。但据守西宁的悍将王辅臣不甘多年经营的地盘就此让与蒙鞑，坚决主张抵抗。在新年之际，带兵三千，从西宁急袭兰州，在内应的帮助下，一举控制全城，并斩杀吴应麒、吴三桂女婿郭壮图及方光琛，闷死病重的吴三桂。
随后，王辅臣遣使至秦州（今天水），急告大秦甘凉都督熊天霖，请朝廷速发天兵至青海，以驱蒙鞑。
熊天霖闻报后，在尚未得到陕西总督的命令情况下，提兵三千，冒风顶雪，迅疾杀向兰州。
控制了兰州城后，熊天霖一边不断请命陕西速派援军，一边派出一千军兵随同王辅臣所属部队赶至大通（今青海门源县城），警戒进入青海地区的准噶尔部。他则领两千精锐，弹压城中乱局，整顿数千军心大乱的吴军。
准噶尔汗王噶尔丹派出使者与秦军交涉，提出此地原为蒙古和硕特部领地，境内还有为数众多的蒙古部落。那么准噶尔来此，特为统一蒙古诸部，是部落内战，请求大秦不要干涉。
熊天霖则觉得，这青海一带为当年吴三桂所破，并纳入治下。而吴三桂早在十年前便向曾经的大明上表归附。如今，这里自然也成了我大秦的地盘，而且人家都求到我了，我如何能置之不理。
于是，熊天霖将准噶尔使者赶出兰州城后，没有再理会噶尔丹，而是继续催促后方派兵增援。
噶尔丹一看，好话不听呀！但想硬打却也未必打得过，侧后方的叶尔羌汗国还未征服，位于西藏的和硕特汗国又暧昧不清，自己所带的蒙古骑兵仅四千余骑，而且还是孤军深入。可若不打，青海地区的蒙古部落又将如何看待自己。
要知道，他在去年冬天，才接受大赖授予的“丹津博硕克图汗”称号，还想着自己在带兵进入青海、西藏后，一定会让各地蒙古部落争相影从，投附准噶尔汗国，从而轻松征服和硕特汗国。
但没想到，这些汉人却仍旧能牢牢把控着青海的局势，丝毫不给他任何机会。一时间，噶尔丹便陷入进退两难的境地。
僵持到四月上旬，闻知秦军陆续汇集至兰州的部队规模已达一万两千余，自知没有战胜的把握，噶尔丹无奈之下只能撤军。
准噶尔部军队虽然已经撤走，但聚集于
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