意从中调停。
沈士奎没能顺利进入登州城内，没有孙元化这杆大旗，手底下的将士还是有点难以控制的，加上粮草本来就不多，于是三人经过商量决定冒险利用孙元化的仁慈先攻下登州再做打算。于是裹挟沿途百姓加入乱军，等到登州城下，沈士奎的队伍已经发展到了三万人！
崇祯五年正月，沈士奎率部东进围困登州，登州告急，而在孙元化仍相信自己能招抚沈士奎，疏于防范。沈士奎乘机让部下300余人诈降，混入登州城，与在城里的两人的老部下东江兵等密谋策划，并趁夜间人们熟睡之时，里外夹攻，占领了登州城，活捉了孙元化及明守备宋光兰、分巡道王梅等官员。总兵张可大坚守水城数日，终因寡不敌众，水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽于太平楼。
沈士奎、毛承作等人自然没想到如此顺利就拿下了了登州。要知道登州城墙上可是安置了几十门的红夷大炮，城内更是有一千多火枪手其中大量的还是来自香山澳的教官。
这些都是孙元化这些年辛苦打造的，火器专家就是活期专家，终归不是政治家和军事家，白白便宜了沈士奎和毛承作。占据了登州之后，困扰沈士奎的粮草问题解决了，占领登州水城之后也让沈士奎解决了后顾之忧，他一面派人前往东江联络，一面积极准备应对朝廷即将派来的大军。
而对于孙元化，沈士奎没有做绝，而是将他请来再次当面游说。
孙元化心有不甘，他的红夷大炮都没有开一炮就被俘虏了。不过孙元化并不后悔，他的登莱新军和红夷大炮本来就不是为明人准备的，是为东虏准备的。
不过他还是忍不住对着沈士奎破口大骂：“粗鄙武夫，本官带你如何？朝廷待你如如何？怎么就能做出此等事来，一个小小登州尔等占了又能如何，不如尽快放下武器，本官还能帮你从中说和一二。与否则朝廷大军一刀尔等片刻之间就灰飞烟灭。”
沈士奎苦笑：“军门，事到如今还有回头路吗？下官可是记得毛帅在东江可是忠心耿耿，结果如何？你们这些吃人的读书人啊，是你们毁了大明。不是下官任性，是没下官和手下弟兄的活路没了啊。军门你也也别吓唬下官。下官以为这登州城在我等手里牢不可破，朝廷不管派谁来我等都有信心坚守。军门还是操心一下自己吧，你不肯加入我等，朝廷也不会饶了你的。破城失地敖钊那些读书人的尿性军门怎么也是个弃市，说不得有些跟军门不对付的御史再拱拱火，那就是连家小都不能安宁。”
孙元化虽然嘴上不肯承认
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