孙传庭对此极力反对，认为“秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。”孙传庭虽然可能有私心，但这也是事实。如果秦军留在京畿，那整个大明的北方就有没有力量阻止农民军的再次壮大，后来的事实也证明了这一点！
杨嗣昌对孙传庭的意见置之不理，孙传庭对此不胜忧郁重重，以致耳聋。也算得上是殚精竭虑、鞠躬尽瘁了。
好不容易等到清军出关回到了辽东，毛钰从天津撤军后朝廷调孙传庭总督保定、山东、河南军务，孙传庭立即上疏请见皇帝，但因杨嗣昌的百般阻挠而未成。孙传庭心中愠怒，引病告休。
但杨嗣昌仍不放过，言孙传庭称病乃推托之举。崇祯帝大怒，将孙传庭贬为平民后，又将其禁囚，以待判决。这时候的朱由检其实已经有一点恼羞成怒了，毛钰不听吩咐也就算了，你孙传庭算什么啊？
孙传庭这些可是麻烦大了，一时半会是出不来了。幸好他的老对手救了他一命。崇祯十二年春，从毛钰处购买大量粮食后李自成移军河南，时河南大饥，史载：饥民“惟恐自成不至”，“从自成者数万”。在孙传庭下狱期间，熊文灿、杨嗣昌在镇压起义军的战争中连遭败绩，闯王李自成由于采纳了毛钰的建议加上没有陕西的牵制，在河南打开了局面，拥兵数十万。
李自成的第一目标是洛阳，因为洛阳有福王，大家都知道福王很得万历的宠爱，整个洛阳但凡良田都是他们家的。史书记载福王朱常洵母郑贵妃最幸。帝久不立太子，中外疑贵妃谋立己子，交章言其事，窜谪相踵，而言者不止。帝深厌苦之。二十九年始立光宗为太子，而封常洵福王，婚费至三十万，营洛阳邸第至二十八万，十倍常制。廷臣请王之藩者数十百奏。不报。至四十二年，始令就藩。翻译一下就是仰仗着皇帝老儿的宠幸死皮赖脸地赖在京城，而就藩地洛阳的建筑相当豪华，超过藩王国模十几倍！有钱吧？
这还没算完，皇帝所遣税使、矿使遍天下，月有进奉，明珠异宝文毳锦绮山积，他搜括赢羡亿万计。至是多以资常洵。临行出宫门，召还数次，真是父子情深、依依不舍！并且期以三岁一入朝。下诏赐庄田四万顷。万顷不是万亩！是一百万亩！
所司力争，朱常洵也有点不好意思亦奏辞，得减半。还是有五十万亩良田！甚至到了中州腴土不足，取山东、湖广田益之。又奏乞故大学士张居正所没产，及江都至太平沿江荻洲杂税，并四川盐井榷茶银以自益。伴读、承奉诸官，假履亩为名，乘传出入河南北、齐、楚间，所至
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