抗衡；然而占据主动的杨广在这个时候，却忽然戛然而止。把清算转成军事上的改革。
他不再刺激那些在威压下即将暴力的关陇贵族，而是在大业元年对官制进行轰轰烈烈的大改革，军事上的十二卫上将军、大将军如同三省主官一样，尽皆被他给虚化了，实权分别落到各卫的左右将军手上。当然了，杨广也不是全部虚化干净，比如说兼任左候卫大将军的兵部尚书段文振、李景、来护儿、吐万绪等心腹大将，仍旧是名符其实、大权在握的大将军；便是杨集的右卫上将军之职也是一个实职，只不过杨集长期在凉州任职，自己又不想管中枢军队，故而被他自己给虚化了。
关陇贵族各个门阀整体实力虽然强大，但是他们没有一个有能力驾驭一切的领袖，便处于一盘散沙的局面，当三大派各大门阀眼见杨广没有进一步的清算意思，便默认了杨广的改革。而杨广当年受限于紧张时局、同时又要迁都，便没有进一步刺激关陇贵族，所以他正式确立的十二卫四府制和杨坚的军改一样，同样是流于表面、并没有落实到位，甚至就连具体的职责和职权范围也没有明确起来。
但是大业元年借势创立的「十二卫四府制」这项制度，却如同温水煮青蛙一般，早已被人们授受，
朝堂上的重臣、地方上的将领对些，也早已习以为常了。
鉴于原十二卫府的上将军、大将军、将军品级高得不正常，杨广便又采用了「改州为郡」的办法，把左右卫改为左右翊卫、左右备身府改为左右骁卫、左右武卫府改为左右武卫、左右领军府改为左右屯卫、左右武侯府改为左右侯卫，加上新增的左右御卫，合称十二卫；而四府则为左右监门府、左右备身府（原左右领左右府）。
而在更名契机，「新」成立的十二卫四府的上将军品级从从一品调为从二品、正二品大将军调为正三品、从二品将军调为从三品，下面的中郎将、郎将品级也各降一级。与此同时，十二卫四府的职权范围也被他借机明确了，此后的十二卫分领天下府兵，而且十二卫「嫡系军」还肩负着宿卫京城的使命，至此以后，十二卫和皇帝掌控的骁果军正式进入居中御外、卫戍京师的阶段。
至于四府则不统府兵，他们主要是环绕在皇宫四周、保护皇帝和皇宫的安全，其中的左右备身府负责侍卫皇帝、左右监门府分掌宫殿门禁，加上兼领「内军」（亲、勋、翊三卫）的左右翊卫，日后的「四府两卫」构成皇帝嫡系中的嫡系。
与十六卫府职能相类似的是负责东宫宿卫、听命于太子的十率，
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