运，他是被袁崇焕请了天子剑给杀了的。
有人说毛文龙是‘海上岳飞’，是袁崇焕捏造了‘十二大罪’，那十二大罪便是如下十二当斩。
一当斩：祖制，大将在外，必命文臣监，尔专|制一方，军马钱粮不受核；
二当斩：人臣之罪，莫大欺君，尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功；
三当斩：人臣无将，将则必诛，尔奏有牧马登州，取南京如反掌语，大逆不道。
四当斩：每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮；
五当斩：擅开马市于皮岛，私通外藩；
六当斩：部将数千人稀冒己姓，副将以下，滥给札付，犯上无等；
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但我们也看到，袁崇焕斩杀毛文龙之后，崇祯对这件事的批示是：“毛文龙悬居海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复握兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，且通夷有迹，犄角无资，掣肘并碍。卿当同志协图，声罪正法。事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪。一切处置事宜，遵照敕谕，仍听相机行。”
这说明，崇祯对毛文龙的作用看得很清楚，皮岛在毛文龙治下，已经变成了他个人的独立王国，东江镇开镇八年，并没有起到应有的牵制作用；同时，崇祯还肯定了袁崇焕斩杀毛文龙的正义性，命起妥善处理善后事宜。
即使后来袁崇焕营也成了‘罪督’，被下狱桀死，崇祯也没有对毛文龙进行平反。