掉落，雷霆3发动，飞在了空中，自己正在大海上面，秦浩然摇了摇头：“莫斯。看看能不能接收到信号，看看这个世界到底是什么世界？”
“信号搜索中……发现卫星信号……已经连接卫星，连接网络中……发现雷霆战甲的消息、发现哥斯拉的消息……确定是哥斯拉世界。”
“哥斯拉世界？莫斯看看这个世界有没有出现过别的巨兽？特别是金刚或者基多拉的消息。”
“网络
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搜索中……发现金刚的消息，现在金刚被圈养在了某基地中，未发现基多拉的消息，不过，在一些古书中搜索到三头巨龙的身影。预计推测是哥斯拉系列怪兽之王的时间点。”
思考了一下剧情，马克与妻子艾玛在旧金山怪兽事件中损失了儿子，两人从此分隔两地。怪兽事件曝光后，随之浮出水面的还有一个神秘的科研组织——帝王计划，此组织致力于研究这些大型的远古巨兽。
艾玛完成了对奥卡的研究，拥有了与怪兽沟通的能力，首次就使用奥卡，安抚了受到惊吓而情绪愤怒的魔斯拉(幼虫期)， 离开云南后，艾玛一行人来到位于南极洲，唤醒于发现的零号怪兽王者基多拉。
接着哥斯拉登场，在南极洲于基多拉展开第一次对决，哥斯拉受伤败下降来，基多拉暂时赢了。
由于基多拉不属于地球的生态系统，人类研发的氧气破坏装置对基多拉造成零点伤害，反而重创哥斯拉，使哥斯拉不得不回到海沟深处的巢穴修养。
基多拉重新长出头后，唤醒分布于世界各地的远古巨兽。苏醒的有:斯库拉(像蜘蛛)，剑龙怪兽(那座山)，猛犸(投鼻子)以及全新的一只穆托(应该是王者穆托，也有说法叫做穆托王)，并按照基多拉的指令破坏各大城市。
看不惯父母的麦迪森偷偷带着奥卡来到芬兰球场，通过广播影响怪兽。也因此吸引了基多拉
在入类帮助下重生的哥斯拉来到此地展开最终对决。而魔斯拉则与拉顿展开对战并打败了拉顿。但在为哥斯拉挡住基多拉的高能射线后死去，化为能量注入哥斯拉体内。
在得到足够的核能后，哥斯拉进化为红莲哥斯拉，通过热能聚变将基多拉粉碎并吃掉基多拉的主头(中间那颗)，成为新的怪兽之王，号令其他怪曾停止攻击行为，与人类共存。
故事剧情很简单，最景点的是几个重要的打斗场面。想要触发任务，就必须要遇见剧情人物。所以，秦浩然决定先去61号
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