十六镇，东宁本土十六镇，从琼州又新募十镇，总计正兵近三万人，整体来说这次精军措施实施的比较平稳，没有因此生出太多乱子。
同时将后世的军衔制度与明朝的武散阶、武勋制度进行结合，创造了新一套军衔体制，依次为柱国、护军、龙虎将军、金吾将军、骠骑将军、昭信校尉、忠显校尉、忠武校尉、骁骑尉、飞骑尉、云骑尉。
对应后世从元帅到少尉的军衔，将武官的阶级划分更为明确。
军官的待遇和职官分配与军衔挂钩，例如一协主官起码得是校尉、一镇主官应当将官起步等。
郑克臧还听取了柯平的建议，单独在中央层面设立了军法司系统，垂直下派到各地军镇专司军法，事实上组建出一支宪兵部队，进一步压缩了驻外武将的权力，将军权集中至中央。
在郑克臧雷厉风行的改革下，郑经时代军队中留存的许多弊病被消除，整个明郑军队的面貌焕然一新。
同时经过南镇抚司近半年的努力，军队中的识字率稳步提高，士卒们士气高昂，军官们渴望立功。