在陆师不断行动的同时，明军的水师也立刻出动，邱辉率领澎湖水师北上在苏北登陆，对两淮盐场大肆破坏之后，才在伪清狼山镇守军的目视下扬长而去。
之后，从十月初到十月中旬，澎湖舰队继续远航北上，连续炮击蓬莱、黄县、福山、宁海、海阳、胶州、登州等地，并做出派兵上岸掠夺人口的态势，引起山东全省的恐慌。
康熙皇帝更是震怒，命令山东各地守军严密防备，绝不可让明军一兵一卒登陆劫掠。
对于圣上的严令，山东巡抚张鹏十分重视，他一方面命令绿营登州镇严防死守，同时从山东内地调派军队到海岸附近增援，务必要将海岸防线死死守住。
十月下旬，为了贯彻康熙皇帝严防死守，适时反击的指示。
浙江的清军以长江水师各营、太湖水师营、京口将军水师营等保留下来及重建的水师军营联合发起对舟山的登陆作战。
明军当初在浙江作战时，顺道将舟山给占据，并且设置了常备的水师舰队和陆师驻守，隔着一条不宽的水面，清军却是毫无办法。