在林道乾帮助下，官军水师于交战中击毙曾一本，同时林道乾又在8月的一场遭遇战中将曾一本的残部歼灭。
然而林道乾的态度仍然很暧昧，他归降官府并助其镇压对手，很可能是为保存自己实力和挽回被官军击败所造成的损失而采用的权宜之策。
都司官员尽管对林道乾最近的行动已起疑心，但由于行动迟缓和优柔寡断，他们没能继续遵照周奎的策略对付林道乾。
与此同时，林道乾在其根据地潮阳假意归顺朝廷，同时开始招募部众、督造战船，不久便聚集了一支更加强大的队伍。
据后面的一份奏报称，林道乾已拥有寇众五千余人，小船约百艘，大船六艘。当时的一份记录证实，林道乾曾派遣配有佛郎机火器的战船援助官军击败倭寇并收复饶平。
据记载，在其后的三年中，林道乾时叛时降。
然而，福建和广东的官员却在争抢平定林道乾之功上浪费了大量的精力；军事将领们夸大海盗的实力掩盖失败的堕落行径，也纵容了匪众继续为所欲为。
林道乾再次反叛、返回海上重操旧业的时间无法确定。
随后的新任广东巡抚股正茂反对安抚政策，在他受命统管清剿倭寇事务前不久，林道乾携舰队逃亡海外。
林道乾此后的行踪已很难考证，因为作为公海中的海盗，他们的劫掠活动具有很大的流动性。与林道乾同时期的海盗林凤被官军击败后曾逃往菲律宾，《明史》中的记述将二人混淆。
由胡安·冈萨雷斯·德·门多萨记录的葡萄牙文献中记载二人曾于洪武十八年左右在澎湖列岛附近有过一次交战，林道乾遭遇惨败，其部众和舰只被对手吞并。
然而此事似乎并没有在这一时间发生，因为以后的一系列事件并没有显示出林道乾有任何受挫的迹象，而且他似乎要比以前更加强大。
这次遭遇如果确实发生过，时间肯定要在此之前，很可能是在林道乾逃亡台湾期间。然而，一些文献认为林道乾逃向了南中国海的昆仑山。自洪武是十年起，林道乾将此地作为侵扰暹罗、福建以及广东沿岸一带的根据地。
林道乾被发现已流窜到中南半岛，正在经营设在柬埔寨、浡泥和暹罗的据点。
为了解决福建和广东官员关于如何平定林道乾的争执，大明礼部尚书提议双方达成妥协：如果林道乾逃往柬埔寨，福建官员负责平叛；如果他在暹罗出现，则广东官员负责镇压。
林道乾在柬埔寨受挫之后，将其据点迁
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