阁大学士、令右副都御史衔，仍任凤阳总督；
与此同时，南京原本的各级官员也做了些许调整，以原詹事府詹事姜曰广为礼部左侍郎，以张慎言为吏部尚书，以高弘图为户部侍郎，以刘宗周为都察院左都御史，其他衙门官员亦先后作了安排。
按照史可法，李邦华，倪元璐等人的意思，这是要让“正人”占据要津，才能使得朝廷有一番新气象。
当然，实际上就是要兼顾京城随驾重臣和南京一派的势力分配，以免激起不必要的内部矛盾。
而崇祯皇帝自然不是朱由崧这样的软骨头，他驾驭群臣的手段可不容小觑，手中更有周世显的兵马，既然一开始这样安排，让不少人都得以如愿以偿，平衡了朝廷的力量，之后很长一段时间就不会变了。
与此同时，崇祯在南京重新掌权之后，史可法和马士英两人既没有原本历史上的矛盾，也没有原本历史上的地位。
马士英更是没有原本历史上的拥护之功，让他入阁，其实只是崇祯皇帝拉拢这支力量的手段罢了。
文官安排妥当之后，就轮到了原本历史上的“江北四镇”，不过因为周世显的到来，他们都没了原本的威风，同样也没了所谓的拥护之功，加上周世显麾下大军的威慑，如今一个比一个乖。
军事方面的事情崇祯不懂，似乎也真的是吸取了教训，没有再胡乱指挥，全权交给了驸马周世显来谋划。
相较于原本历史上的安排，周世显根据当前的局势和自己的需要，在驻防地上，稍稍做了一些改变。
手下兵马较强，也忠心耿耿的黄得功驻守庐州府，和州府，刘良佐驻守在凤阳府西南，两人互为犄角，防范来自河南方面的敌人。凤阳总督马士英统制两人，带着他的兵马驻守于两人之后，协助防守。
马士英原本手中兵马不少的，但是被卢九德阴了一招，几乎半数精锐都被周世显吞并了，他还不敢问对方要回来，更不敢有一丝抱怨，根本就是“哑巴吃黄连，有苦说不出”。
当然，和他一样遭遇的，还有刘泽清。
马化豹最终趁乱逃往河南了，这让他受人以话柄，只能夹着尾巴做人，眼睁睁地看着自己手中最精锐的千余兵马被周世显带走了。
同时，实力在四镇中最为强悍的高杰所部驻扎在凤阳府东北的州县，以及徐州府，刘泽清还是被分配在了淮安府，两人结成了抵御来自山东之敌的防线。巡抚淮扬的路振飞统制两人，同样带着他的巡抚标兵营协助防守。
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