据《清太宗实录》记载，明军被杀得尸横遍野，自杏山沿海至塔山的海面漂满了明军的尸首。松锦一战，关系着明、清双方的生死存亡。自此以后，明朝势力更衰，败局已定。次年六月，鳌拜升为护军统领，成为八旗将领中具有较高地位的人物。
后来闯王李自成领兵攻入北京城，崇祯吊死。吴三桂因刘宗敏强占了自己的爱妾陈圆圆而引清兵入关。
入关以后，鳌拜主要的任务是追击农民军。顺治元年(1644)十月，鳌拜随靖远大将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。李自成被迫放弃西安，退往湖广。阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。顺治二年(1645)六月，李自成于湖北九宫山大败，从此再无音讯，大顺军土崩瓦解。
鳌拜打垮李自成后，清军开始对付大西军。顺治三年(1646)正月，鳌拜又随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲。狭路相逢勇者胜，昔日威风一时的大西军抵挡不住鳌拜的勇猛而溃败，张献忠在绝望中被鳌拜擒住斩杀。清军击破大西军营垒130余处，斩首数万级，获马骡牲畜12200余匹。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。
豪格在四川攻陷后上奏表称：击破大西军，擒杀张献忠，鳌拜首功。
顺治皇帝因此册封鳌拜一等公爵，领镶黄旗。还送了他一个“满洲第一勇士”的称号。
鳌拜回京后被委以高官厚禄。顺治皇帝临终前留下遗诏，特命大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。
鳌拜这一生战功卓著，对大清朝可谓忠心耿耿。但是自从当上辅政大臣之后，开始居功自傲，结党营私，排除异己。
康熙四年，太皇太后孝庄为康熙选皇后，当时的人选有索尼之孙女，遏必隆之女，鳌拜之女，最让鳌拜对康熙皇帝不满的地方就是册立皇后这件事。孝庄太后当时已经看出了鳌拜的狂傲野心，为了削弱他的力量，制衡于他，便没有选他的女儿做皇后，而是选择了索尼的孙女做了康熙的第一任皇后，这让鳌拜非常恼火，心里恨透了孝庄。于是在朝堂之上
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