的家眷都留在九江郡寿春县，在淮、泗一带招募了一些士兵，加上跟随他在下邳县当差的同乡少年，共得精兵一千人。此后，孙坚便率领这一千多士兵，随朱儁南征北战。
孙坚作战悍猛，常置生死于度外。一次，他乘胜追敌，单骑深入，失利，受伤堕马，卧于草中。当时，军众分散，不知他在什么地方。亏得他所乘战马跑回军营，咆哮嘶鸣。将士们随马找去，才在草中现了孙坚。孙坚回营养了十几天，伤势略好，又奔赴疆场
汝颍的黄巾军，处于困境，无路可走，固守宛城。孙坚领兵进攻，他独当一面，亲冒矢石，率先登上城墙。他的部众受此鼓励，纷纷紧随其后，于是，攻下了宛城。朱儁把孙坚的事迹全部呈报给朝廷，朝廷任命孙坚为别部司马。
边章、韩遂在凉州制造骚乱，中郎将董卓前往抵御讨伐，未见成效。中平三年，朝廷派司空张温代理车骑将军，西讨边章等乱兵。张温奏请孙坚参军事。
张温率部驻扎长安，用诏书召见董卓，董卓拖延时间，过了好半天才来。张温责备他，他应对时，出言不逊。当时，孙坚正好在座，见此情形，便走到张温旁边，跟张温耳语说：“董卓不害怕自己有罪反而出言狂妄，应当以不按时应召前来之罪，按军法杀掉他。”张温说：“董卓一向在陇、蜀一带享有威名，现在杀掉他，西进讨伐没有依靠了。”孙坚说：“您亲领皇家军队，威震天下，还依赖什么董卓？看董卓今天的谈话，并不想听您的，轻上无礼，是第一条罪状。边章、韩遂胡作非为已一年多，应当及时进讨，而董卓反说不可，沮丧军心，疑惑将士，是第二条罪状。董卓接受重任而毫无战功，召其前来又滞缓不前，反倒狂妄自傲，是第三条罪状。古代名将，带兵临阵，无不果断地斩处违犯军纪者，来显扬威严，故此有了穰苴斩庄贾、魏绛杀杨干的事。现在您对董卓留情，不立即斩杀，如此必然使军威受到损亏。”张温不忍心执行军法，于是就说：“你暂时先回营，免得董卓会怀疑你。”
十一月，张温破北宫伯玉于美阳，因遣荡寇将军周慎追击之，围榆中；又遣中郎将董卓讨先零羌。慎、卓并不克。而且周慎几乎全军覆没，唯董卓以全军还。但好多人听说孙坚指陈董卓三条罪状，劝张温诛杀他，都为之叹息。于是，朝廷拜孙坚为议郎。
中平四年，长沙人区星反叛，自称将军，聚众一万多人，攻围城邑。朝廷任命孙坚为长沙太守，前往剿灭。孙坚到郡，检选循吏，使之治民，并且明白交代：“你们只管好好对待善良百姓，好好处理官曹
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