还没结束，“土地爷”也不好把催木匠直接送到朝堂上，只好送到办公室里等着，只要隐去身形静静等待，便能神不知鬼不觉，用最短时间将这颗棋子激活。
其实，在天启二年(西元1622年)四月，“礼部尚书”孙慎行追究李可灼奉献红丸之事，并斥责方从哲为谋害君王明光宗的逆贼。于是，作为儿子，明熹宗诏令朝廷大臣商议，“都御史”邹元标赞同孙慎行的奏疏。
方从哲上奏辩解，自己请求削夺官阶，发配到边远的地方，但皇帝朱由校仍下谕安慰他这位“太傅”，让“给事中”魏大中因九卿的提议长期拖延而反复上奏催促。
尽管朝中多位大臣大都赞同孙慎行给方从哲定的罪名，但也有“刑部尚书”黄克缵、“御史”王志道、徐景濂、“给事中”汪庆百般偏袒方从哲。不过，“詹事”公鼐持中立态度。
当时，“大学士”韩爌陈述呈送药的前后经过，替方从哲解脱。因此，“吏部尚书”张问达与“户部尚书”汪应蛟联合上奏称：“呈送药的前后经过，我们一起耳闻目睹。辅臣探视皇帝的病，情形急迫、仓促，怎么忍心说‘弑逆’二字？但是，李可灼不是医官，而且也不是知脉懂医道的人。用药做尝试，先帝就去世了。
方从哲与我们九卿未能制止，都有罪，反而赏赐李可灼。等到‘御史’王安舜上奏，只令他以养病而离去，处罚太轻，怎么告慰先帝，让朝廷内外心服？应该像方从哲请求那般，削夺他的官阶，依法追究。
至于李可灼的罪行不胜诛杀，而崔文升在先帝不幸感染伤寒时，呈送大黄凉药，罪行又在李可灼之上，依法都应该处决示众，以泄公愤。”
奏议呈上，李可灼被遣送去戍边，崔文升贬至南京，而方从哲没有被治罪。不久，孙慎行称病离去。天启五年(西元1625年)，魏忠贤辑录“梃击”、“红丸”、“移宫”三件事编成《三朝要典》以倾轧正直之人。
于是，魏忠贤以“九千岁”权力免去了李可灼的戍边之罚，任命崔文升督导漕运。魏忠贤的党羽徐大化请求启用方从哲，但方从哲不出仕。然而，一时之间请求诛杀方从哲的人却犯被贬官、杀戮得几乎殆尽。
虽说方从哲此时并不出仕，但作为“天启皇帝”朱由校名义上的“老师”，还是得时常得作为随身“顾问”。因此，还没到早朝结束就不能随意离开左右。当然了，散朝之后，明熹宗总会习惯性去咸安宫看望奶娘。
由于这位“奶娘”客氏“魅力极大”，与魏忠贤勾搭成奸互相“对食”
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