到了明朝嘉靖三十六年（西元1557年）十月，王杲偷袭抚顺，杀死守备彭文洙，并大肆进行劫掠明朝的辽地。嘉靖四十一年（西元1562年）五月，辽东副总兵黑春统军清剿王杲，却被王杲设伏生擒后磔死。
于是，王杲犯辽阳，劫孤山，略抚顺、汤站，前后杀死了朝廷的“指挥使”王国柱、陈其孚、戴冕、王重爵、杨五美，还杀死了明军的“把总”温栾、于栾、王守廉、田耕、刘一鸣等数十人。
而在当时，女真哈达部贝勒王台也逐渐强大起来，并与王杲亦多有摩擦，后二者盟于抚顺关下而罢。因不服明朝对女真人的欺凌，王杲率部反抗明朝。但觉昌安效忠明朝，故把王杲俘获后，交给明朝处置。
到了万历三年（西元1575年），王杲因谋反被凌迟处死，而王杲所率部众有1000多人也被明朝屠杀。
王杲之子阿台后来也与明朝发生了冲突。在冲突中，觉昌安和塔克世欲带着阿台去投降明朝，打算“大事化小，小事化了”。但是，明朝将士们对女真各部很有成见，这导致觉昌安和塔克世却反而被明军误杀。于是，此事成了努尔哈赤反抗明朝的“七大恨”之一，因为“觉昌安”与“塔克世”乃努尔哈赤的祖父和父亲。
对于努尔哈赤的外祖父王杲，《清朝前纪》中有载：“王杲既肆掠于北，王兀堂、阿住古、准嗒等部，肆掠于东。嘉靖四十四年十一月，由十岔口侵入，陷洒马吉堡。四十五年二月，由十岔口进抢阳堡等。
隆庆四年八月，由大柞口抢入沿江等地。此外如草河等堡，抢掠人民牲畜等事，尤难悉数。故与抚顺开市，长官先坐抚夷厅，酋长以次进至堂上，贡土产，长官乃验马。
女真人之贡马多羸弱，恒给善价以示羁縻。杲尤傲慢，至抚夷厅，辄夺酒饮。饮醉箕踞诟詈，无敢呵者。有新长官抑彼等下阶，又验马之肥壮，杲鞅鞅引去，旋率众卤掠。朝廷为之罢免长官。杲益骜。”
当初，在李成梁打败王杲之时，顺带也将努尔哈赤与其弟弟一并俘虏。但为了拉拢女真各部及安抚建州女真，他并没有将努尔哈赤杀死，而是留在自己家中做奴仆。
而努尔哈赤在李成梁活着时，也始终表示永远不背叛大明，永远都忠于李成梁，因为对方实力太强大。不过，在另一时空的历史重来后，明朝边军与建州女真之间仍避免不了发生冲突，并造成辽东动荡。
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