正式认可了利玛窦的道路，并开始从全球视野，审视在中国传教事业的战略价值。源源不断的支持——包括更优秀的学者型传教士（如后来的熊三拔、邓玉函）、更多的学术书籍和仪器、以及更灵活的政策——开始向东方倾斜。
而在肇庆，利玛窦对那位“陈商人”的提示心领神会，开始着手实施。
他着手将欧几里得《几何原本》 翻译成中文。这项工作极其艰难，但他凭借惊人的语言和数学天赋，以及在一位名叫徐光启的、对西学充满狂热好奇的年轻举人（松江府人，后成为天主教徒，即徐保禄）协助下，艰难地进行着。在翻译和讲解几何公理、定理的同时，他有意无意地引用《周髀算经》 中的相关论述，指出其中朴素的几何思想，并用《几何原本》的严密体系加以阐发和提升，让中国士子感受到“西学中源，而西学更精”的震撼。
同时，他利用自己精湛的天文知识，开始秘密测算、验证《大统历》的误差。他发现，《大统历》对日月交食的预测，确实存在微小但持续的系统性偏差。他没有立即声张，而是将数据仔细记录，并开始研究其偏差的数学规律。他知道，这将是未来冲击钦天监权威、证明西历优越性的“重磅炸弹”，必须等待最合适的时机抛出。
他绘制的新版《坤舆万国全图》，在小心避开了某些敏感政治边界（如淡化葡萄牙对澳门的占据）后，被允许少量刊印。这幅地图在士大夫圈中引起了巨大轰动和争议。有人斥为“妄言”，有人惊为“奇书”，但无论如何，“天下”不止中国，中国只是“万国”之一的观念，如同一个悄无声息的思想病毒，开始在一小部分最富好奇心和冒险精神的中国文人心中萌芽。
利玛窦，这个孤独的、充满智慧的、背负着传教与求知双重使命的西方僧侣，在不知不觉中，已经成为林氏家族百年布局中，一枚至关重要、却又具有高度自主性的“明棋”。
他带来的，是文艺复兴后欧洲最精华的理性与科学火种。
他采用的，是林家暗中引导的、最易被中华士林接受的“学术化”、“合儒化”路径。
他瞄准的，是中华帝国知识体系最权威也最僵化的部分——历法与地理观。
而他身后，是耶稣会的全球资源支持，是美第奇家族等欧洲权贵的隐密关注，也是林家那只看不见的手，在信息、策略和关键时刻的“恰到好处”的提示上，给予的无声助力。
威尼斯，林砚收到了关于利玛窦进展、耶稣会战略调整、以及“陈商人”行动成
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