暗部是直属于现任火影管理的组织，随着木叶火影的更迭，管理者也一直在随之变化，所以暗部的直接领导者是火影这个职位，而不是某一任的火影，比如在三代退位给四代后，卡卡西等暗部就直接受四代火影波风水门管理，三代就丧失了对暗部的管理权限，但也因此，暗部的成员在身份方面对木叶的高层并没有隐秘可言，在行动中多少都会有所制约。
根从创立到结束，管理者一直是团藏一人，而且里面很多成员都是从幼年开始进行封闭式培养，这些人的资料团藏并没有与木叶高层公开，完全自己一人掌握，这也导致没有人能在团藏不情愿地情况下接手根部，甚至在宇智波灭族后，三代责令团藏解除根，也只是一个没有任何实质作用的命令，根名亡存实。
对木叶的一些高层或者朋友间并没有秘密可言，这使他们在执行任务过程中，面具有时候形同虚设，对于一些比较见不得光的任务，顾及很多，有时候不能彻底地完成任务。
而根的存在很大程度上弥补了这方面的问题，在三代和团藏掌权期间，形成了一个光与暗的微妙平衡，根在团藏的授意下，做了许多三代想做而不能做的事情，而且不用担心事情败露或者败露后牵扯到自己，所以虽说根提高了团藏与自己抗衡的能力，但同时，三代也从中获利不少，这也是三代一直没有彻底取缔根这个组织的原因。
还有一层原因对志村团藏这个老友的愧疚，志村团藏利用这一点无法无天。
“团藏，这个是不是你做的！！”火影办公室猿飞日斩对着志村团藏怒吼得。
一条消息卷轴上赫然写着几位年老的平民高层的身死，手法干净利落，虽然没有实力，但是在平民中，有很大的声望，这些都是二代火影千手扉间留下的老干部了。
“日斩，他们就是一群倚老卖老的握着权力不放的蛀虫，他们会影响木叶的发展，这是为了木叶！”志村团藏不甘示弱的回应道。
听到这话猿飞日斩沉默了，他又何尝不知道啊，哎，只能妥协，毕竟志村团藏可是他的好友。
见猿飞日斩不说话志村团藏提出了根部握孤儿院的权利。
“不可能！”猿飞日斩一口回绝，自从知道志村团藏的残酷的训练方式，猿飞日斩还是有些抵触的。
这些都是平民忍者儿子，他们在战场上为物业贡献了的生命，到头来儿子还要做木叶的杀戮机器。
“日斩，现在根部才刚刚建立，还很差人手。”志村团藏试图让猿飞日斩松口。
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