攻取明斯克的德军中央集团军群司令冯·包克元帅向负责攻取布列斯特要塞的克鲁格元帅抱怨说，应当把第四十五步兵师这个有着光荣历史的部队尽早从布列斯特的战斗中解脱出来，因此德军又从预备队调来第八十二工兵营，专门使用炸药来爆破未被炮火摧毁的建筑物，为进攻的步兵专门配备了火焰喷射器，准备在六月底一举拿下布列斯特要塞。
一九四一年六月二十七日，德军开始使用重型臼炮有计划地在炮兵观察员的指引下炮击苏军占据的地区，德国空军也协同炮兵向要塞投掷重型航弹，二十九日上午，一枚重达一千八百公斤的巨型航空炸弹被德国空军投掷在科布林堡垒，巨大的爆炸造成的震荡甚至在三公里外的布列斯特城内都能感受到。猛烈的炮火准备整整进行了两天，中心堡垒和科布林堡垒许多建筑物被摧毁。德军第四十五步兵师一位军官鲁道尔夫·盖斯菲佛在战后的个人回忆录《我在第四十五步兵师的经历》〔奥地利林芝一九五五年〕中写道：“我从来没有体验过这样猛烈的炮火，在以后的战斗生涯中我也再没见到如此密集的炮击……密集的弹幕炮击使大地都在颤动
六月二十九日，持续了两天的炮击停止了，战场上出现了少有的安静，在硝烟还未散尽时，德军通过广播向坚守要塞的苏军宣读了最后通牒，通牒称假如在规定时间内守卫者还不缴械投降，德军将把整个要塞“碾成粉末”，北部科布林要塞的苏军意识到最后的残酷战斗就要开始了，经过指挥员们的研究，他们决定强迫所有在防御工事内的妇女和儿童撤出堡垒，向德国人投降，但是所有的军人表示将坚决战斗到底。
所有妇孺于1942年被德军枪杀
德军最后通牒规定的时间到后，中心堡垒和科布林堡垒的守卫者们宁死不降。德军又恢复了炮击，这一次德军使用了能够穿透两米厚钢筋混凝土层的高爆炮弹，这种炮弹在整个战争期间只在布列斯特和塞瓦斯托波尔使用过。德国空军也向重点建筑物投掷重达五百公斤的重型航弹。在北部科布林堡垒，德军炮火将东部壁垒的马蹄型防御炮塔完全摧毁，军需仓库也被命中，所有库存物资全部毁于炮火，仓库中被毁物资猛烈燃烧，将墙壁上的石头都融化了一部分。在中心堡垒，一枚重型航空炸弹直接命中了白宫，这个坚固的建筑物坐落在中心堡垒的西北，是苏军战前的要塞建筑指挥所所在地，现在有一股苏军坚守在那里，建筑物被航弹摧毁后，废墟中全部守军中只剩下两个幸存者；中心堡垒的指挥所所在地圣尼古拉教堂也被命中，许多苏军指挥人员当场牺
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