之罪，下诏迫削封爵，又兴起大狱，处死多尔衮一系亲近贵族重臣数十人。世祖通过这些努力，沉重打击宗室强藩，巩固了皇权。世祖在原先领有两黄旗的基础上，把原先隶属多尔衮的正白旗划归己有，成为新上三旗（原正蓝旗换出）。从此，正式形成上三旗与下五旗的体制。上三旗为“天子自将”，归皇帝自领，地位高贵，人多势众，构成八旗的核心；下五旗成为诸王、贝勒、贝子等宗室贵族的分封之地。上三旗与下五旗的分治，是八旗制度的一次重大变革，是以皇权为代表的专制主义中央集权进一步加强的明显标志。
1662年（康熙元年），圣祖玄烨即位以后，陆续分封诸兄弟子侄为下五旗王公，与原有本旗王公共同管辖每一旗人丁，于是一旗有王公数人，不再存在一个旗主专擅一旗的局面。1679年（康熙十八年）确定王公府属官员名额，并规定王公府属佐领下人在各王公门上行走，至于各王公名义上领有的旗分佐领（下五旗佐领）则归各旗都统管理。都统“掌宣布教养、整诸戎兵，以治旗人”①。直接承受皇帝令旨，各旗王公从此无权干预旗务。
上三旗下五旗制度，造成了正身旗人社会地位事实上的差别。上三旗守卫皇城，挑取侍卫，皇帝外出时担任扈从，是皇帝最依重的亲军。下五旗除守卫京城外，被大批派往各地驻防戍卫。圣祖冲龄即位时，以索尼（正黄旗）、苏克萨哈（正白旗）、遏必隆、鳌拜（镶黄旗）为四辅政大臣，均出身上三旗，说明上三旗人在参预政治方面也享有优势。
为了破除上三旗下五旗人的轸域隔阂，鼓励下五旗人为皇帝建功立业，特别建立了“抬旗”制度。“抬”意即由下往上升。由“满洲下五旗，抬入上三旗者，谓之抬旗”②。其本支子孙准一同抬旗，同胞兄弟仍隶原旗。皇太后、太后母家在下五旗的均准予抬旗。以后，抬旗方式多样化，上三旗的汉军可以抬人同一旗分的满洲旗。圣祖生母孝康皇后一家，佟佳氏，原隶镶黄旗汉军，后抬入镶黄旗满洲，后族抬旗自此始。另外，包衣旗人可以拔出内务府抬入满洲旗。不同形式的“抬旗”，成为清代满、蒙、汉军旗人间、上三旗人与下五旗人中、正身旗人与非正身旗人间成分流通的一种特殊途径。
（四）内务府包衣三旗
上三旗下五旗分治后，各旗所有的包衣（满语“booi”，意即“家的”，指某人的私属）随之析为两个系统：上三旗包衣称“内务府属”或内府旗人，为皇家私属，编为内务府镶黄、正黄、正白三旗（内三旗）；下五旗包衣称“王公府
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