亦被禁止。汤若望被平反后，被捕的二十余位宣教士仍被关押在广东，各省仍禁止天主教活动。于是，在京神父们采取了一项大胆的行动，决意辞去历官职务。康熙知道他们的用意，便派国舅佟国纲慰留，并且告诉他们姑且忍耐等待，因为朝中尚有许多反教的人，骤弛禁教令恐有不妥。神父们因而知道皇帝并无仇教之意，便达致谅解。
直到1670年，康熙才颁布开释宣教士的上谕，一方面准许广州25位教士各归本堂，一方面不准添立教堂，也不准中国人入教。虽有诸多限制，但宣教工作终归又可以合法展开。康熙帝对南怀仁十分信任、友好和尊敬，且对其他宣教士也十分友好和宽容，历次南巡，所到之处，经常召见宣教士，询问他们的生活与工作。1693年，康熙患疟疾，太医久治不愈，宣教士张诚送上南洋带来的奎宁，一服而愈。为表谢意，康熙赐地建堂，名“救世主堂”，即今北堂前身。宣教工作在康熙朝前40年，取得较大进展。
二、 礼仪之争
正当在华宣教事业进展顺利之时，教会内部却因礼仪问题发生争执，史称“礼仪之争”。
《新天主教百科全书》给“中国礼仪之争”的定义有三方面的内容：一是士人祀孔；二是家人祭祖；三是中西文中间有关基督教上帝的语义和语源学的争议，称“译名之争”。“译名之争”最早发生在耶稣会士之间。简单地说，就是在中文中如何正确地选用适当词汇来翻译神的名。是用“天”、“上帝”，还是用“天主”。在华的几十个传教士之间有不同的看法，展开了神学讨论。时至17世纪30年代，“中国礼仪之争”扩大到天主教内部。关键问题仍然是：按天主教教义来看，在中国士大夫和民间流行的“祭孔祀天”礼仪是否属于异端？教会能否对已经皈依天主教，并参加教堂生活的中国教徒的祭祖习惯加以容忍？
这场争论在中国和欧洲逐渐涉及不同态度的四方人员：1、为中国礼仪抗辩的耶稣会士，以及由他们带领的中国信徒；2、强烈反对耶稣会的其他修会，包括多明我会、方济各会、奥古斯丁会、巴黎外方传教会；3、对在华各派传教士的纠纷难下判断，而又必须做出裁决的罗马教廷；4、因外国教士和教皇干涉中国事务而终致恼怒的康熙皇帝。
这场争论的后果是极不痛快的，争论中任何一方都未在随后发生的事件中获得什么。相反，各个修会都被中国皇帝逐出境外，罗马教廷几乎丧失了经历150年艰辛开辟得来的中国教会。而所有对西方文明有兴趣的中国人，从皇帝
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