到士大夫及基督徒，也失去了接触西方文明的机会。
“中国礼仪之争”正式爆发首先是在福建。由于主持当地教会的耶稣会士艾儒略全面继承了利玛窦的传教路线，被当地教内外绅民誉为“西来孔子”。他对中国文化采取了十分开明的做法，包括允许教徒们进祠堂、入孔庙。各地的中国信徒仍然保持着利玛窦时期的旧习惯。这种宽容做法引起方济各会的反对。1633年，方济各会士李安堂到达福建宣教，他对耶稣会神父们居然容忍教民奉行异端大感震惊，便联合多明我会反对耶稣会的做法。
多明我会在欧洲是神学权威，长期以来，他们主持教廷的宗教裁判所，对裁判异端特别有发言权。但是多明我会对中国文化问题缺乏内在的观察，也没有儒家士大夫作朋友，且宣教重点在南洋群岛，台湾、福建是他们的延伸部分，在中国内地也没有宣教士。上述这些对他们的影响是双重的：一方面是对中国的文字传统缺乏了解；另一方面是对福建地区格外严重的迷信活动感触尤深。
宗教裁判所里的多明我会神学家们很少来过中国，他们对中国礼仪问题的看法基本上是在欧洲形成的。当时欧洲人对中国文化的认识，基本上源于《利玛窦中国札记》和另一本西班牙人拉达写的《菲律宾群岛的征服·记大明的中国事情》来了解。前者代表耶稣会的观点，赞同儒家礼仪。拉达是奥古斯丁会修士，到过福建，对中国礼仪大惊小怪，他的描写对当时固执己见的欧洲人是触目惊心的。多明我会开始发动礼仪之争时，焦点正是集中在拉达最初提到的偶像问题上。他们坚持问：中国人在祭奠先人时，为什么要把三杯酒中的第一杯酒洒在地上？为什么会相信人死后，灵魂会在天上、地下和牌位之间来来去去？为什么中国人见到什么神的牌位就跪拜下去？按基督教神学观念，这些确实不合教义。耶稣会很难回答。
争论开始只局限在远东进行，在福州、广州、马尼拉，在耶稣会表示不合作之后，马尼拉主教决定把矛盾上交到罗马。1645年，教廷的宗教裁判所的神学家根据在闽宣教的多明我会莫若翰的一面之辞，作出了有利于西班牙会士的决定。这份被认为是罗马教廷关于“中国礼仪之争”的首号文件，对耶稣会极为不利，且没有妥协余地。但根据现存的中西文献看，它在中国内地没有马上产生很大影响。显然当时中国正处于战争状态。
1654年，耶稣会士卫匡国为“中国礼仪之争”专程赴罗马申辩，他解释说，中国人的祭祀只是一种社会性的礼节，而不是宗教迷
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