沈士奎、毛承作等上层将领的纵容，登莱新军自然更加肆无忌惮。吴桥在内附近的乡镇更多的妇女遭了殃，一些不肯舍弃家财的乡绅也成为了这些乱兵的刀下亡魂。逃得快的自然也不甘心自己的家业就此被人毁了，于是弹章如同雪片一样飞向京城。
眼看着事情一发不可收拾，沈士奎、毛承作等人也知道想回头也不可能了。于是聚集在一起商量怎么办？毛承作首先想到的是逃回东江去，但是要付出的代价就是丢官罢职。而沈士奎却提醒他，东江现在是毛钰的东江，毛钰当初皮岛事情之后就不待见这两位，毛钰结婚不但没有邀请两人，沈士奎亲自到杭州拜访毛文龙和毛钰却被拒之门外，这个时候去东江十有八九会被毛钰派人送到京城请功。
毛承作又提出带兵去舟山，他毛钰不是野心勃勃，不将朝廷放在眼里吗？那么现在有这么多的等莱新军来投靠，他总不能装清高看不见吧。可是翁婿俩仔细一盘算，这一万多人，其中两千人是骑兵，估计他们两能够带走一半，但是没船能够装在这么多的战马。而且从吴桥到大海边需经过登州。
本来是奉命去辽东助战的，在吴桥闹了事就想着逃到还上去，除非登州城的孙元化闭上眼睛不管他们。
最后李九成说服沈士奎发动吴桥兵变，辽东自然不能去了，京城也攻不下，一商量回军登州是最好的，人头熟悉，还有东江作为呼应。就算万一失败还能撤退到东江甚至投靠东虏。控制了登州就有水师出海的便利。
于是他们先派遣毛承作回到登州假装洗心革面地陈诉自己和沈士奎管束不严给军门大人带来麻烦，不过保证今后不会在发生类似的事情，还希望军门能够出面催促粮草。沈士奎则带着新军加速赶往登州，一路上的县城基本上没有防备，他们都得到了孙元化给出征将士筹措粮草的命令，被沈士奎率领乱兵里应外合攻破登州数座先城，控制了大量的将士和百姓。
为了名正言顺，沈士奎自号都元帅，毛承作和为登州总兵。李九成为登州水师副将。考虑到孙元化对两人还算不错，沈士奎就想拉他入伙。
登莱巡抚衙门，孙元化气急败坏地看着眼前的两人派来的使者，沈士奎和毛承作，他太熟悉这恋人了，平日里碍于毛文龙和毛钰的面子真的是没有亏待两位。现在这两位居然起兵造反，更可笑的是居然小看他孙元化，想要让他出面做造反军的首领。
气愤归气愤，孙元化还是脱不了读书人的做派，洋洋洒洒地写了一封书信给沈士奎等三人，规劝他们立即悬崖勒马，他愿
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