称“佐领”；“甲喇”改称“参领”，其长官“甲喇额真”亦改称“参领”；同时将固山（旗）的长官“固山额真”改称“都统”，其副职“美凌额真”改称“副都统”。“牛录”的本义为“大箭”，“甲喇”的本义为“节”，“美凌”的本义为“围肩”，“额真”则是“主人”的意思。清统治者通过改换这些名称，进一步清除了八旗组织中的部落制度痕迹。与此同时，对于各级职官的职守均加以明确规定。都统“掌八旗之政令，稽其户口，经其教养，序其官爵，简其军赋，以赞上理旗务”，综理一旗的军、政、经事务，以下各级官员分别管理所属。举凡军政、户籍、铨选、司法、婚丧、稽察不轨，各有所司，八旗组织的管理体制因此更加正规和严格。
佐领是八旗的基层组织，每佐领一般辖数十户，每户约计数口以至数十口人丁。其长官职掌人口、田宅、婚丧、兵籍诸事宜，对本佐领人户拥有很大的权限，“凡位居公侯并俯就之，犹县令之辖乡绅也”①，至于普通旗人，更不在话下了。同一佐领人丁，均编入丁册，对于壮丁的三代以及出身成分，或正户（又称正身，即自由民）、或开户（奴仆获准出户并在旗下独自立户者）、或户下（奴仆），一一详晰注明，并严格禁止出身卑贱者混入正户旗人阶层，以利分化和控驭。
满洲八旗编设之初，各部部长、族长率领属部入旗以后，即出任各级官职，对旧属仍保留着相当权威。当时“牛录”、“甲喇”、“固山”的长官之所以各以“额真”（主人）相称，盖缘于此。这种传统权力往往因同旗人世世代代居住同一佐领而得以绵延存续。入关后，清统治者利用这种传统关系，并结合汉族社会的封建宗法制度，在佐领内建立起族长制度。族长最初由族众推举产生，选出后由佐领验放，入选族长的多为休致（退休）的官员或者德高望重的长老。族长的多寡，视佐领内宗族的数目而定，由于佐领是多族姓的聚居，故族长常在三四人左右。遇到涉及本族的公私事务，族长与佐领一同策划，并有权教导族人，可见族长虽非爵秩，其权威也颇令人敬畏。
1725年（雍正三年）重定：族长一缺，由都统、副都统从各族中拥有男爵、轻车都尉、骑都尉、云骑尉等世职的贵族，或举人、生员、领催等人中选取；每三年由都统对族长考察一次，对教导族人有成绩者，予以奖励。族长人选与考核的制度化，使这一职务从旧贵族控制族人的工具日愈变为封建统治阶级铃束满族人民的手段。
为了加强对各地驻防旗人的管理，又建立旗人保甲制度。
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